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哪吒三太子信仰在民间倒是早就有了。
因为并没找到两者相关的确切文献资料记载，他和朱三太子有没有关系还真不好说。
尝试着写写，有不足之处见谅。
“传说哪吒诞生在宜宾陈塘关，在打死兴风作浪的龙王三太子被问责以后，剔骨肉还与父母双亲被葬于翠屏山，人们凿洞建行宫将其供奉。其灵魂为太乙真人所收以莲花化身，并传授武艺，协助姜子牙伐纣屡立战功成仙。1990年，台湾嘉义市开基南天门太子宫主持黄彰先生凭梦寻根来到翠屏山后才使行宫得以修复。经两岸信众考察验证，最终认定宜宾是哪吒的诞生地，祖庙就是翠屏山哪吒洞。
哪吒行宫位于中国著名的城市森林公园翠屏山上，为晚清道家风格建筑，占地面积2200平方米，建筑面积1100平方米，主要由仙踪胜迹牌坊，太子殿、哪吒洞组成。三太子（又称中坛元帅）信仰在台湾至今已有三百四十多年的历史，哪咤被台湾道教列为主要神祉祭祀，全台湾有哪咤庙四五百座，而供奉哪咤神像的。四川宜宾在翠屏山也修成了“哪咤行宫”,逢农历八月初五（哪咤诞辰）,举行“哪咤三太子祭祀大典”,并成立宜宾哪咤民俗文化中心。”
——【百度百科：三太子信仰】
闽台、潮汕地区三太子信仰是一种民间信仰。三太子指哪吒，哪吒源于佛教，梵文全名那罗鸠婆(或)，是佛教中的护法神。
宋代时普济和尚《五灯会元》中写到：“那吒太子析肉还母，析骨还父，然后现本身，运大神力。”元代《三教源流搜神大全》中的哪吒已经演变成了民间道教神祗，而在明代的《封神演义》中，哪吒则被完全的本土道教化了。
在晚唐至宋间福建曾经掀起过一场造神运动，诞生了大量的本土神灵。明人何乔远《闽书》中曾记载到的这时间段民间造神达184起，而唐以前26起，明代10起。现闽南一带妈祖、保生大帝、张公圣君等民间信仰等大多都是这一时期出现定性的。
明清以后,官府对寺观加倍收税，不少寺观负担不起以致佛道走向衰落，大批的僧尼道士为了生计,只得进入民间,为底层百姓诵经拜忏、祈福攘灾。反倒是助长了民间信仰的发展。明谢肇制说: “今之巫观,江南为盛,而江南又闽广为盛,闽中富贵之家,妇人女子,其敬信崇奉,无异天神。”
“明代中后叶，政//治黑//暗，佛、道教的神学意识成为一股强大的社会思潮，表现在文学创作中，以《封神演义》把人物叙述与神权统治之下的情节，属于一种反抗思维的文学著作。书中神魔斗法情节，围绕着讨伐邪恶，唾弃暴政，颂扬仁政，伸张正义的主轴。作者以变化多端，颇富诡异的描述，创造了脍炙人口的神话故事，使《封神演义》以”神魔小说”见称。
明清先民移居台湾后，将祖籍地神祇带来台湾膜拜，形成台湾独特的民间信仰。”
——【《台湾民间信仰神祗与封神演义人物研究》吴惠巧】
哪吒在闽台民间俗称“太子爷”，亦称哪吒太子、中坛元帅、哪吒元帅、三太子爷、哪吒三太子、太子爷、金康元帅、金环元帅、罗车太子等。
现在福建漳州文衡殿还有着供奉哪吒的习俗，在每年农历九月初九哪吒诞日时开坛作法。漳州一带的哪吒信仰是明代从道教圣地山西闾山传入的，当地人因其武力高强，奉其为太子爷，建立多处庙宇及神坛祭拜，民众对其法力深信不疑。（康熙十六年时，诈称朱三太子的蔡寅就来自漳州）
现在台湾就有181座庙奉祀哪吒，民众虔诚供奉一祈求小孩平安和驱邪消灾。
而且现在还有一种叫“电音三太子”的表演，十分有意思，可自行百度。
说回“朱三太子”，感觉朱三太子和三太子两者之间并没什么直接联系。
“朱三太子”不是崇祯皇帝第三子朱慈炯而是第五子朱慈焕。
至于大家为啥都冒充他反清，《明史》（悼灵王传）中记载道：“（慈焕）生五岁而病，帝视之，忽云：‘九莲菩萨言：帝待外戚薄，将尽殇诸子。’遂薨。九莲菩萨者，神宗母，孝定李太后也。太后好佛，宫中像作九莲座，故云。帝念王灵异，封为孺孝悼灵王玄机慈应真君，命礼臣议孝和皇太后、庄妃、懿妃道号。”
其实就是修史时处于政治目的，称其5岁时就夭折了。
不过这“真君”之封倒是被反清人士利用民间宗教信仰来支撑他们的反清活动。加上朱三太子本就是明太子，反清复明名正言顺。
以前利用民间宗教信仰搞搞震的确有不少，举个例子有太平天国、义和团运动等。
义和团当时就信奉不少北方小说、戏曲、评书中的人物，如姜太公、二郎神、唐僧、孙悟空、关公、张飞、黄天霸、穆桂英等等。
从义和团当时的揭帖(咒语)可以看出：
“天灵灵,地灵灵,奉请祖师来显灵,一请唐僧猪八戒,二请沙僧孙悟空,三请二郎来显圣,四请马超黄汉升,五请济癫我佛祖,六请江湖柳树精,七请飞标黄三太,八请前朝冷如冰,九请华佗来治病,十请托塔天王金吒、木吒、哪吒三太子,率领天上十万神兵。”
简而言之，谁牛逼谁有名就请谁。
巧妙地利用民间宗教信仰，在那个愚昧的年代确有着笼络人心的作用。
“对世代沉溺于愚昧之中的千百万小农来说,宗教语言是最容易理解的语言,神秘的力量是最可信赖的力量。他们天然地同情正义,又天然地相信天命。当正义与神助合二为一的时候,造反就成了天意选定的事业。”
“以神道为武器 ,显示了群体的愚昧,但是却是当时的事实 。 ”
——【《近代中国社会的新陈代谢》陈旭麓】
参考文献：
《台湾民间信仰神祗与封神演义人物研究》吴惠巧
《直东交界一带民间信仰与义和团运动》东泽民
《漳州文衡殿哪吒信仰习俗与哪吒鼓》陈松民
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